甲午戰敗後，許多研究者將失敗的重要原因概括爲軍費不足，批評慈禧太后修建頤和園工程挪用海軍經費，造成北洋海軍的裝備沒有跟上世界海軍日新月異的變化。那麼，北洋海軍的經費到底夠不夠呢？撥給北洋海軍的經費到底花到哪去了？
1875年，南北洋確定分別建設海防的方案，其時已是清朝末期，清政府歷年積蓄幾乎羅致一空，所以，建設北洋海軍，經費是最棘手的問題。
不久，總理衙門和戶部奏請由關稅和厘金項下撥解南北洋海防經費。具體計劃是，每年從各地關稅中直撥約200餘萬兩;從蘇、浙厘金項下，每年各提銀40萬兩，贛、閩、鄂、粵厘金項下，每年各提銀30萬兩，總計200萬兩。全部分解南北洋海防大臣沈葆楨、李鴻章兌收應用。兩項合計，海防經費每年共達400餘萬兩，實在是筆不小的款項。
但現實的情況是，李鴻章發現實際資金到賬極少。比如1875年7月至1877年6月兩個財政年度裏，各省關實際僅解200萬兩，僅爲名義撥款的四分之一。也就說，朝廷的指令，地方並沒有統一執行好。
1885年，清政府成立海軍衙門，主管全國海防建設。原解南北洋收支的海防經費撥歸海軍衙門收放。海軍衙門的經費來源，除常年海防協撥外，還在開辦時從其他方面籌集總計300餘萬兩。
總體來說，建設北洋海軍的全部開支，包括20年的海防協餉、購買軍艦以及官兵薪糧和日常費用等，共用銀3500萬兩，佔同期國庫開支的2%左右，遠遠低於陸軍的軍費開支。但對於一個近於崩潰的封建國家，仍是不勝負擔。
多年以來，人們一直有個疑問：海軍衙門一直說缺乏經費，那麼，他們籌集到的款項是否都用到海軍事業上去了呢？
1885年，慈禧太后考慮到光緒帝即將親政，自己歸政後若要重修圓明園，不但國家財力難以支持，同時又會遭到反對，於是在當年6月21日下懿旨重修三海。根據檔案記載，事實上工程在此之前已經開始動工。
三海工程包括北海、中南海所有的殿宇、房屋、道路、河池、假山、堤泊、電燈、鐵路等，全部工程有100多處，整個工程經費總額在白銀600萬兩左右。從1885年至1895年10年中，三海工程共計挪借海軍衙門經費437萬兩。
在“人治”社會，最高統治者會通過各種方式巧立名目，以避開制度對其的束縛。海軍衙門所墊的款項雖然後來如數歸還，慈禧太后孜孜以求的三海工程也如期竣工，但拆東牆補西牆，受損的卻是海軍。
在清末，由於海軍經費一直無法完全按照計劃撥付，李鴻章一直與各地督撫、總理衙門、海軍衙門和戶部有着打不完的口水仗。
1891年5、6月間，李鴻章校閱北洋海軍，後請於煙臺、膠州口添築炮臺。清政府批准了他的請求。但差不多在同時，戶部決定將南北洋購買外洋槍炮、船隻、械器暫停兩年，所省資金解部充餉。
又過三年，1894年5月，也就是甲午戰爭爆發前夕，李鴻章再次校閱海軍。他上奏報告，稱西洋各國船式日新月異，即日本蕞爾小邦，猶能節省經費，歲添鉅艦。中國自1888年北洋海軍開辦以來，迄今未添一船，恐後難爲繼。
主持停購軍艦決策的，是戶部尚書翁同龢。翁同龢是同治、光緒兩任皇帝的師傅，作爲正統士大夫的魁首，他有強烈的憂國憂民責任感。但這次停購外洋槍炮的決策卻給海軍事業的發展帶來了消極影響。
戶部爲停購的辯解是：部庫空虛，海疆無事，明將南北洋購買槍炮船隻機器暫停兩年，藉資彌補。
李鴻章和翁同龢之間的扯皮，代表了不同派系不同的利益集團，導致的軍購停頓對晚清海防建設造成了極大的影響。
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