一去就是整整一年零四個月，待到1938年他回到中樞，重新出掌政務處長，依然我行我素。包括老好人翁文灝在內，經常會遭到蔣廷黻的責難。朋友們只能連連搖頭：“廷黻的湖南脾氣又發作了！”然而等待蔣廷黻的，是一次又一次的失望。
蔣廷黻發現一般人普遍抱怨徵兵。經過調查，蔣認爲現行的徵兵制度存在極大的弊端，雖然鄉村損失了100名生產者，但是平均能到前線的士兵最多隻有25名，大部分人都利用機會從營房或行軍途中逃亡。然而當蔣廷黻去詢問負責兵役的主管時，得到的解釋卻是另一番粉飾太平的說法。於是回到重慶後，蔣主張把徵兵的數目減少一半，將薪餉增加一倍，以加強軍隊戰鬥力。然而他的一片苦心從軍政部長何應欽那裏換來的答覆卻是：“蔣廷黻神經不正常！”
薛嶽在湖南任省主席的時候，時常慫恿部下在省內大肆搜刮，挪用公款。蔣廷黻在湖南省考察報告中，曾指出省府用於公共衛生方面的錢還不到預算的百分之一。薛嶽立即拍電報予以還擊，譴責蔣廷黻歪曲事實。聲言自己已在七月份增加了25萬元的公共衛生經費，證明自己對人民福利的重視。蔣廷黻向蔣介石說明實情：自己提交的報告是根據五月份的情況編擬的，即使薛嶽增撥款項，其數目對於湖南百姓的保健而言，仍是杯水車薪，無濟於事的。蔣介石卻出於息事寧人的打算，笑着對蔣廷黻說：“你該知道，你們的報告正在發生效果中。”
珍珠港事件後，翁文灝請求特別撥款7000萬元在重慶建設一座新鍊鋼廠，蔣廷黻表示贊成。爲了確定計劃的可行性，蔣廷黻特意拜訪俞大維將軍，經過俞的解釋，才明白由於工人和燃料所限，實無再開設新廠的必要。於是在行政院辯論此提案時，蔣廷黻主張放棄該計劃。然而，財政部長孔祥熙卻要充當和事佬，採用中國傳統社會裏那套慣用手法，先對翁文灝的忠於職守大加讚賞，接着又說明財政部的困難。然後，轉過來又誇了蔣廷黻幾句，如同拉架勸和一般。最後孔做出一個幾乎令蔣廷黻氣炸肺的決定：“因爲你們一方要撥七千萬，另一方認爲一分錢都不能撥，我不偏袒你們任何一方。我決定撥四千萬。”
蔣介石
對此決定，蔣廷黻於後來的《回憶錄》中發出了這樣的慨嘆：
對大多數類似的事，孔先生的決定是聰明的。但對我說，我卻希望他：要幹就撥給翁七千萬，要不幹就採納我的意見一文不撥。因爲七千萬還可以生產一些鋼材，四千萬就等於白白浪費。抗戰時期中國的妥協精神往往就導致上述的結果。實際上，這都是因爲中國人缺乏在一個時期內集中力量從事一件事的習性所造成的結果。雖然人們口頭上叫“軍事第一”，但他們心裏卻想從事許多與戰爭毫無關係的事。
我們常聽說委員長喜歡那些唯唯諾諾的人。我知道：委員長左右的人，的確有些本身根本就沒有定見，有些即使有，又深恐委員長對某事事先已經有了腹案，一旦自己的意見說出來不合於委員長的腹案，豈不尷尬？因此乾脆就不發表意見。
這些官僚們都是在官場這個“江湖”中摸爬滾打多年的老手，而對蔣廷黻這頭嫩犢子，當面打着“太極拳”，背後便露出“黑砂掌”，極力擠對他。而生性天真耿直的蔣還抱着公事公辦、無愧於心的信念橫衝直撞。殊不知，他所面對的官僚集團，是十個、一百個甚至一千個蔣廷黻們也無法扳倒的！
當然，蔣廷黻也有偶露崢嶸的時候。1942年的一天，政府高層在蔣介石府邸共同討論印度問題。當時的觀點分爲兩派，一派主張譴責英國帝國主義，聲援印度，而另一派認爲幫助印度的做法代價太大，得不償失，雙方互不相讓，一時間搞得房間內的氣氛異常緊張。蔣廷黻此時要求發言，得到蔣介石允許後，他說：“首先我請全體出席人注意一個事實：儘管大家說了很多，但沒有一個人提出可行的辦法。我認爲我們實際能夠做到的，纔是真正能夠幫助印度的。我們僅僅能充當一箇中間人。要充當中間人，中國就不能得罪英印任何一方。任何譴責都或多或少的對於居間調停有損害。我建議宣傳部應該讓報界自由討論，但要請他們注意：儘量避免趨於極端。”聽過蔣的此番主張，有些人認爲蔣廷黻是重慶政界最大的傻瓜。最後蔣介石綜合各方議論，說：“我們照廷黻的意見做。”事後證明，國際反響尚可。不過，在更多的時候，蔣的主張往往不管對錯，都成爲衆矢之的，遭受到衆人圍攻，每每胎死腹中。
十餘年京官生涯，蔣廷黻究竟開罪了多少官僚政客？沒有人能夠知曉，因爲實在是多得數不過來。1946年10月，蔣廷黻被迫辭去善後救濟總署署長職務的原因即在此。應行政當局之要求，蔣提出辭呈，並於10月5日偕同新署長舉行交替儀式。蔣廷黻曾致簡短之別辭：
今日舉行儀式之主要目的，乃在使各位有機會與新署長見面，而在新署長未致詞之前，本人願略致數言，藉表寸心。年來總署及各分署同仁均曾爲行總工作之推行而盡最大之努力，並有不少犧牲，餘謹此致謝。行總乃一規模宏大之服務機構，故參加行總工作者必以服務精神爲本旨，深盼各位去除黨派政見之偏見，而繼續爲人類服務，若新署長歡迎各位繼續參加行總工作，則餘深盼各位仍本服務精神，安心工作。李副署長曾與餘共同計劃行總之工作，今渠既受政府任命，自應繼續行總之工作。以餘個人而言，政府曾賜予以一爲人類服務之機會，今日各位既有爲人類服務之機，自應不斷努力，新署長工作經驗較餘爲多，對行總工作自可勝任，而其成績定較餘爲良好。
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