1.官員不得饋受財物、參加酬宴，有職務關係的人不許相互借貸
1913年1月，北洋政府頒佈《官吏服務令》，要求“凡官吏應竭盡忠勤，從法律命令所定以行職務”，所規定的官員紀律主要有以下幾個方面：依法服從命令、保守機密、遵守工作時間、保護公物、不得兼職、不得以權謀私和濫用職權等律令，所列皆細。
如“不得饋受財物、參加酬宴、爲人請託及與有職務關係的人相互借貸”，明令：官吏之間有統屬關係者，無論涉及職務與否，不得饋受財物，也不準其家族以其它名義或方法間接饋受。他人對官吏所辦事件有饋遺者，無論用何種名義，均不得接受。官吏除慣例所許外，不得有囑託公事之酬宴。長官對於屬官所管事件，不得爲其親故關說請託。官吏與其所管事務有直接關係者，如包辦官署工程者、經管官署往來款項的銀行莊號、承辦官署應用物品的商號、受有官署補助費者，不得相互借貸。
頒佈《服務令》的同時，又公佈了《文官懲戒法草案》和《文官懲戒委員會編制法草案》。一開始就能注意到吏治從嚴，而不是等問題成堆後才作預防，顯示了一定的政治遠見。
1914年3月又公佈《文官懲戒委員會編制令》。官員懲戒委員會的成立，標誌着傳統官員懲戒模式向近代轉換。爲使其工作能順利進行，1914年3月，官員高等懲戒委員會委員長章宗祥就有關問題擬成四點聲明呈大總統覈准公佈：
一、明確懲戒權限，除申誡由主管官員專行外，其它褫職、降等、減俸等處分非經懲戒委員會審查議決後，不得執行。
二、懲戒應符合條件和程序，提起懲戒必須依法定權限和程序，並詳細聲敘事由附送證據，以防止主管官員依個人好惡處罰屬官。
三、關於休職。爲防止在懲戒程序進行中被付懲戒人因職務行爲可能產生的影響，提議應令其休職。
四、褫職奪官與退職退官的區別。此後不久，新任委員長董康又就懲戒委員會的工作向大總統提出三點請求，第一點便是“嚴杜干涉”。官員懲戒委員會做了大量的工作。據統計，官員高等懲戒委員會在民國六年一年內共受理懲戒案109件，其中結案85件。山西縣知事呼延庚、直隸高等檢察廳書記官長邵振璇、福建縣知事汪蔭孫、四川縣知事安當世、江西縣知事薛雪等多人被懲戒。此後又公佈了《司法官懲戒法》和《司法官懲戒法第三章懲戒委員會施行令》對司法官嚴加管理。
2.設立監督、彈劾政府官員的機構肅政廳，專司貪腐官員的糾彈
議會爲職能相當廣泛的權力機關，依照《中華民國臨時約法》規定，參議院的一項重要職能就是監督政府官員，既可對總統和國務員的違法失職行爲進行彈劾，亦可“諮請政府查辦官吏納賄、違法事件”。
當時，專司糾彈的機構是肅政廳。平政院成立之初，曾設有肅政廳專門掌理官吏糾彈和提起行政訴訟。在編制上肅政廳雖然隸屬於平政院，但獨立行使職權。肅政廳設肅政史總會議，非有肅政史全體三分之二以上出席不得開議，非有過半數同意不得議決。
1914年秋，先後公佈《肅政廳處務規則》、《肅政廳書記處辦事細則》、《肅政廳肅政史辦事細則》，對肅政廳的機構設置、人員組成和工作程序作了詳細規定。
袁世凱對肅政廳很是重視，曾發表演說：“吾國自入民國以來，仕途龐雜極矣，特設肅政史一官冀有所補救。諸君顧名思義，宜如何盡其職守以效忠國家，是在諸君自思而自處之……此後官紀之美惡即諸君之責任，其捐除一切顧忌而實心將事乎。即如鄙人，不過受國民委託爲行政之首長，苟有過失，亦望有以糾正之。”當時輿論評爲“諄諄告誡，詞意極爲懇摯”。
受此鼓勵，許多肅政史亦以鐵面御史自居，紛紛上章建言。都肅政史莊蘊寬先是規諫總統應節省糜費，受到“忠直盡職”的表彰後，又大義滅親舉劾同族莊嚴先、莊巢雲。
1915年5月，袁世凱接受日本提出的《二十一條》不平等條約，舉國譁然。由莊蘊寬領銜，其他肅政史夏壽康、徐承錦、夏寅官、張超南、江紹傑、雲書、方貞、程崇信、傅增湘等聯名上救亡條陳。
雖然肅政廳的設立及運行方式受到一些人的批評，但平心而論，肅政廳在整肅官紀方面也做了一些工作，“自經成立，所上糾彈之案已不下數百餘起，動輒牽連數十人，而其中居顯要者頗衆。”如因海軍學生案曾涉及海軍部總長，因各地方案件也有牽連至將軍、巡按使者，而使“身居顯要者人人自危”。
1914年7月北洋政府頒佈《糾彈法》和《糾彈事件審理執行令》，規定肅政廳的職能爲：依據《中華民國約法》第43條，對國務卿和各部總長的違法行爲進行糾彈;對官吏(包括不在職的官員)有下列各款情形之一者進行糾彈：一、違憲違法事件;二、行賄受賄事件;三、營私舞弊事件;四、溺職殃民事件。
其他如考覈制度、訴願制度以及迴避制度，也都有較爲嚴格而詳細的規定，此不贅述。雖然因戰亂等原因，這些法規、律令並未能切實執行，但在漫長的中國歷史上，畢竟是一個可喜的進步。
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