在袁督師被帶走後，崇禎立刻下令由山海關總兵滿桂替代袁崇煥，擔任全部勤王部隊的統帥，由山西總兵馬世龍和祖大壽兩人爲他的副手。然後崇禎又派出了宮中的得力太監車天祥帶着犒軍物資，去關寧大營中安撫祖大壽、吳三桂等遼東將兵。然而祖大壽等人和數萬關寧鐵騎，最後卻還是擊破山海關回到了關外，向老家錦州奔去。
對遼東的這五十多名遼將和關寧鐵騎，時人風評是“明用之善，則爲後金之勁敵;用之不善，則爲明朝之叛將”，此說點評得極是。這五十多員遼將和關寧鐵騎，無論忠奸，在整個明清易代過程中，都扮演了極重要的角色。如祖大壽、祖可法、左良玉、黃得功、吳三桂、曹文詔、曹變蛟、周遇吉、劉澤清、何可綱、張存仁、劉肇基等人，可說沒有一個人是易與之輩，他們每個人都有能力和才幹，掀起一場翻天覆地的大風波，而後來事態的發展，也證明了確實如此。
我現在想來，當時他們的心情應該是極複雜的。那時，他們還都是一羣非常標準的職業軍人，同時也是一羣血性男兒。在他們身上，有着太多完全不同於那些文人士大夫的特點。他們有他們衡量事物的標尺，那是一種更加近似於綠林豪傑的價值觀和判斷標準，直截而簡單明瞭。在袁督師下獄後，當時的狀況，有無數讓他們感到失望和憤怒的揣測以及事端，去支持他們作出種種不利於大明朝和崇禎皇帝的舉動。譬如怒袁督師之忠貞被誣，感崇禎之剛愎多疑，恨朝廷官吏之齷齪卑鄙，懼崇禎及包括滿桂在內的各派朝臣會乘機將遼東系將領趕盡殺絕，甚至北京當地軍民對他們惡劣的態度……
即使不說這些身在官場的遼將，就是一般遼兵也失望之極。時人楊士聰在《五堂薈記》中就記載遼兵們的議論道：“袁既被執，遼東兵潰數多，皆言：‘以督師之忠，尚不能自免，我輩在此何爲？’……封疆之事，自此不可問矣。”《明史》記舊遼東大帥孫承宗令都司賈登科、遊擊石柱國帶其手書勸慰祖大壽及遼東將士，勸關寧鐵騎回援。
而祖大壽則對賈登科抱屈道：“麾下卒赴援，連戰俱捷，冀得厚賞。城上人羣詈爲賊，投石擊死數人。所遣邏卒，指爲間諜而殺之。勞而見罪，是以奔還。當出搗朵顏(蒙古察哈爾部)，然後束身歸命。”遼東軍的士兵們則“持弓刀相向，皆垂涕，言：‘督師既戮，又將以大炮擊斃我軍，故至此。’”可見在袁督師下獄後，關寧鐵騎已經被北京的那些人視爲“賊”和“間諜”，更有士兵因此被無辜擊殺。遼東將士們已經領先一步在北京遭受了和督師日後一樣的待遇。這羣血性漢子，他們自千里之外不眠不休地趕來，拋頭顱灑熱血，在爲關內百姓和大明朝奮戰不息。然而他們保護的百姓和城市，現在卻殺死了他們的戰友。
這又怎麼叫他們不心寒？又怎麼叫他們不離開這個傷心屈辱之地？然而他們更無法預料的是，日後這些殺死他們戰友的人們，還會剮掉、吃掉他們景仰的袁督師。遼東系的將領和士兵，正是在袁督師死後，纔開始頻繁出現將領率整支部隊倒戈的現象。此前只有極少數的小股人馬投降叛變，即使在袁督師斬殺遼東豪帥毛文龍之後，毛文龍數萬部下也只有極少數人出於不滿、恐懼等原因而降清，如數年後始叛的孔有德、尚可喜、耿仲明等人，其官階低、人數少，不過帶去數百隨從家眷，官不過參將、遊擊，連一個普通分守總兵、副總兵級的將領都沒有，更不用說如後來降清的遼東總兵祖大壽這樣的將軍、總鎮級總兵了，是以幾乎沒什麼政治影響。
但是，當時清廷卻給予這些降將極高的封賞，這與他們的身份及整個事件的影響都非常不相稱。差不多降將個個封王，待遇之厚、規格之高，令人瞠目結舌。之所以會出現這樣的情況，正是由於此前明軍罕有倒戈者，因此清廷希望能以此吸引遼東的明軍將士投誠。可惜，這一手在當時作用並不大。但自袁督師身亡，一直到鬆錦大戰結束這段時間內，整個遼東系的將領、士兵，除吳三桂所部外，已幾乎全爲清軍所用，這五十餘員遼將成爲清軍南下的利器。日後無論他們出身如何，幾乎個個都成了一鎮大將、封疆大吏，甚至成爲深通政務、治理地方的一代名臣。
譬如原寧遠副將張存仁，在大淩河一戰中隨祖大壽降清。此人因官階較低，故在明並無什麼事蹟，但降清後卻敢對皇太極屢屢犯顏直諫乃至當廷爭論，純粹只以事蹟論，爲人極是剛正。在爭取錄用漢人奴僕爲官一事中，皇太極甚至大怒，指責他和祖可法二人“爾等但愛漢人，不知惜滿洲有功將士及見易而爲奴者也！”，由此可見當時爭執情況之激烈。順治元年，張存仁授兵部右侍郎，兼都察院右副都御史，總督浙江、福建。順治六年，授兵部尚書，兼右副都御史，總督直隸、山東、河南三行省，巡撫保定諸府，提督紫金諸關，兼領海防。順治九年卒，追贈太子太保，諡忠勤，由於他爲官期間名聲極佳政績斐然，故準祀直隸、山東、河南、浙江、福建五行省名宦。對此種現象，《明史》的《張存仁傳》最後這樣評說：張存仁通達公方，洞達政本。二人(作者注：另一人指孟喬芳)皆明將。明世武臣，未有改文秩任節鉞者，而二人建樹顧如此。資格固不足以限人歟，抑所遭之時異也。
張廷玉等人此論可說極是公允，尤其是“明世武臣，未有改文秩任節鉞者”一句，可謂道出了明季之敗的一大症結。原本一鎮邊將，只要不是泛泛之輩，像張存仁、孟喬芳等，對其所在防地的軍事和民生都是極爲熟悉的，倘若有一定政治能力，去做個巡撫之類當遠比普通文吏來得得心應手，尤其當此亂世之時。可惜“明世武臣，未有改文秩任節鉞者”，是以文歸文，武歸武，且武官永無出頭之日，饒你再能征慣戰，即如杜鬆杜太師、劉鋌劉大刀等悍將、猛將，最終也只能在楊鎬這樣完全不懂兵事的文官統帥指揮下作戰，以至於裹屍沙場。而大明朝則不斷因此喪師失地，使得猛將悍卒幾乎傷亡殆盡，故謂此乃明末敗亡的癥結之一。
再待到後來李自成逼反了吳三桂，中原地區不但失去了對清最有威脅和作戰經驗的最後一支雄師，也切斷了袁督師一手培植的關寧鐵騎與中原相連的最後一縷血脈。日後，關寧鐵騎的身影，以關外清軍的身份橫掃整個中國。幾乎可以這樣說，清朝的江山是漢人的關寧鐵騎替滿人打下來的，單隻吳三桂一人，就掃平了陝西、山西、四川、兩湖、雲貴、廣西等差不多半個中國，要是再加上尚可喜、耿仲明父子、孔有德、劉澤清等人的話，那就等於是他們替清朝打下了九成國土。若是袁督師在，安能至此。
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