大、小和卓是中國西北地區歷史上兩位著名的伊斯蘭教領袖。大和卓是指波羅尼都(？一1759年)，新疆喀什噶爾人，伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的長子。小和卓指霍集佔(？一1759年)，伊斯蘭教白山派和卓瑪罕木特的幼子。和卓是波斯語的漢語音譯，意思是“聖裔”，就是專指伊斯蘭教創始者穆罕默德的子孫，後用來稱呼伊斯蘭教學者和大阿訇。
康熙十九年(1680)，衛拉特蒙古準噶爾部統治回部後，對其首領實行人質制。
1755清朝政府出兵平定了新疆準噶爾分裂勢力，乾隆二十年五月，清軍攻克伊犁，釋放作爲人質禁錮於伊犁的大和卓(名波羅尼都)、小和卓(名霍集佔)。波羅尼都率領他的弟弟霍集佔等30多人投奔清朝軍隊。伊犁平定後，清朝命令他返回南疆，招撫舊部，統領維吾爾民衆。大和卓返葉兒羌(今莎車)統領回部，小和卓留伊犁掌管伊斯蘭教務。
1756年小和卓霍集佔從伊犁逃回，參與衛拉特蒙古輝特部首領阿睦爾撒納陰謀發動叛亂，兵敗逃葉兒羌。
乾隆二十二年(1757年)，殺害清廷所遣前往招撫的副都統阿敏道，自立爲巴圖爾汗，波羅尼都受到鼓動。他們號召各城起兵反清，一起集衆數十萬叛亂，舉兵反對清朝政府，叛軍控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年(1758年)二月，清廷命雅爾哈善爲靖逆將軍，率滿、漢兵萬餘自吐魯番進發，進入南疆(天山南路)平叛。起初，清軍出師不利。但由於大小和卓殘酷地壓迫維吾爾族人民，“兵餉、徭役繁興，供給稍遲，家立破;及出亡(兵敗逃亡)，又盡其貲以行，民脂殆竭”(《平定準噶爾方略》前編卷15)。人民不堪其苦，紛紛逃亡。
五月，圍叛軍據點庫車。大、小和卓率萬餘鳥槍兵自葉兒羌經阿克蘇赴援，被清軍擊敗，傷亡4000餘人，旋率殘部入庫車固守。雅爾哈善未乘勝進擊，而坐守軍營終日博弈，疏於戒備，致使大、小和卓乘夜率400騎逃遁，雅爾哈善以貽誤軍機罪被處死。
清軍攻克庫車後，小和卓逃到阿克蘇，守城維吾爾族人閉門不納，只得逃到烏什，同樣爲烏什維族人所拒，遂退保葉爾羌。大和卓則據守喀什噶爾。大小和卓相約各守一城。兩人相爲倚角，抗擊清軍。
十月，定邊將軍兆惠率步騎4000至葉兒羌，三戰三勝，然以兵少不能取城，即於城東隔河結“黑水營”自固待援。叛軍萬餘人包圍黑水營，用炮轟、水淹、偷襲等方式頻繁攻擊。清軍堅守三個月，傷亡甚衆。
二十四年正月，清定邊右副將軍富德率兵3000自烏魯木齊馳援，至呼爾滿(今莎車東北)，與叛軍騎兵5000激戰四五晝夜，獲勝，渡葉兒羌河，與參贊舒赫德、都統阿里袞部會師。兆惠聞援軍至，督兵突圍。清軍會師振旅，還阿克蘇。
六月，兆惠和富德各率兵1.5萬分別攻喀什噶爾和葉兒羌。清軍兩路會師在葉爾羌城東黑水河畔擊敗叛軍，乘勝分軍，攻取喀什噶爾和葉爾羌。
大小和卓見大勢已去，大掠城中財物後率部棄城南逃，越蔥嶺西遁，逃往帕米爾。清軍追至伊西洱庫爾淖爾，將叛軍圍在山嶺上，一面施放火器，一面大呼招降。叛軍“降者蔽山而下，聲如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《聖武記·乾隆勘定回疆記》)。清軍獲叛軍降卒1.2萬餘。
1759年夏天，大小和卓帶着妻孥舊僕三四百人逃奔巴達克山(今阿富汗東部)。清軍派人與巴達克當地部族交涉，八月，大、小和卓被巴達克山部首領素勒坦沙執殺，把屍首送交清朝。(《聖武記·乾隆勘定回疆記》)
在南疆人民的支持下，清軍終於粉碎這次叛亂，重新統一了新疆地區。 自此，清廷加強對天山南北的統治。
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