孫元良原籍浙江紹興，1904年生於四川成都華陽。他的家庭背景很不錯，父親孫廷榮，曾任清廷知縣;叔父孫震，曾任第二十二集團軍司令官、國民軍第五綏靖區司令官等職;孫元良本人出身黃埔，系“天子門生”，有“飛將軍”之稱。不過這個雅號可不是褒義的，又名“長腿將軍”、“逃跑將軍”。
北伐時期當逃兵
早在1926年國民革命軍北伐時，孫元良就曾是戰場上的逃兵。當時，蔣介石的嫡系第一軍第一師和程潛的第三軍攻打江西的孫傳芳。第一軍貪功冒進，貿然攻打南昌，僥倖得手後不思鞏固戰果，反而大肆尋歡作樂。結果孫傳芳部連夜反擊時，第一師師長王柏齡正在窯姐的牀上，黨代表繆斌也臨陣脫逃。最終，第一師一敗塗地，南昌得而復失，王柏齡和繆斌遁逃避禍。
孫元良時任第一師第一團團長，當時負責駐守牛行車站。戰鬥甫一打響，由於缺乏警戒，孫元良驚慌失措之中率先逃跑。部隊羣龍無首，尚未組織起有效的抵抗，已經紛紛作鳥獸散，致使戰略要地失守，南昌門戶洞開。事後，孫元良團被程潛派駐奉新，向東警戒，掩護主力部隊集結，但孫卻拒不執行命令，一聞敵訊，便繼續西撤。
蔣介石氣急敗壞，馬上趕到奉新前線，立即召集第一師訓話，聲色俱厲：“這次打仗，第一團團長孫元良沒有得到命令便退卻，應照革命軍的連坐法來槍斃。這次失敗，是我們革命軍最不榮譽的一件事，也是北伐史上最恥辱的一頁，倘使第一師不退下來，我們的戰事一定不會失敗;所以孫團長沒有命令擅自退了下來，一定要按法槍斃。我們第一師，從前是最光榮最有名譽的軍隊;現在被孫團長個人毀壞，難道我們還能容忍這種敗類，不槍斃他嗎？”第二天清晨，蔣介石再次訓話，重申了對孫元良的懲罰決定：“孫團長犯我們革命軍的連坐法，我要把他槍斃。”
很快，孫元良消失了，大家都以爲他死了。不料，1928年，孫元良突然重新出現在大家面前，氣宇軒昂，面有得色。他不僅躲過此劫，而且還去日本陸軍士官學校鍍了一層金。歸國後，即任國民政府警衛第一旅炮兵團團長。到了1931年，已升任警衛第一師第一旅旅長。
原來，在薛嶽、劉峙等人的勸說下，怒氣平息後的蔣介石考慮到黃埔一期生本來人數就有限，歷次戰鬥中戰死者、共產黨拉去者甚衆。如今在軍中能挑大樑的人已是寥若晨星，彌足珍貴。於是，他法外施恩，網開一面，孫元良因禍得福。
抗戰時期當逃兵
1932年淞滬戰役發生後，時任國民黨軍隊第八師二五九旅少將旅長的孫元良率軍堅守上海寶山廟行鎮十一天，和友軍一起夾擊日軍，讓日軍受到空前挫敗，孫元良因此役擢升爲第八十八師師長。
1937年7月7日，抗日戰爭全面爆發。爲了掩護國民黨主力部隊轉移，孫元良又下令八十八師五二四團第一營的四百多名官兵，固守四行倉庫陣地，並親手將“死守上海最後陣地”的命令交給謝晉元團長，然後自己撤退。面對八十八倍之衆的日軍，四行倉庫官兵奮勇抵抗，最後全部退入租界，被解除武裝，關進集中營。這就是歷史上有名的“八百壯士”。而撤退了的孫元良卻因“八百壯士”之功再被升爲國民革命軍第七十二軍軍長，仍兼任八十八師師長。
在震驚中外、血肉橫飛的南京保衛戰中，時任第七十二軍軍長兼八十八師師長的孫元良率部奉命投入到南京保衛戰中，負責守衛南京的制高點雨花臺和南京城南。
1937年12月12日上午，雨花臺陣地陷落，日軍居高臨下，攻擊中華門陣地。八十八師二六二旅官兵不顧日軍炮火，堅守城垣。此時的孫元良卻率師直屬隊和二六二旅一部擅自向下關撤退，企圖渡江北撤。在挹江門內被三十六師師長宋希濂的督戰隊用機槍“勸阻”，只得返回中華門繼續作戰。
中午，中華門被突破。孫元良“飛將軍”本色再現，不通知部下，只顧自己逃跑，誰都不知他藏到什麼地方去了。
在近年發現的研究南京大屠殺事件中數量最多、保存得最爲完整的史料《拉貝日記》中，我們可看到“飛將軍”在南京躲藏的佐證：“對於國民黨第七十二軍軍長兼八十八師師長孫元良，拉貝更是關心入微。得知孫藏身在難民營中，拉貝親自將他接到金陵女子文理學院頂層密室裏居住……”
可是孫元良在其回憶錄中卻厚顏無恥地寫道：“我既然在江邊找不着船，只好鑽隙向東面的山地撤退。……這樣，我便帶了我的司令部六百多官長兄弟，和一輩子的創痛與恥辱，從龍譚附近渡江，經泰興、淮陰、徐州、鄭州，於1938年3月下旬到了武漢。”
孫元良消失得無影無蹤後，七十二軍包括八十八師羣龍無首，在潰退中很多官兵無法渡過長江，在南京城內被日軍俘虜，成爲日軍屠刀下的冤魂。可嘆一支精銳的德式虎賁，就這樣被葬送了。
內戰時期當逃兵
抗戰勝利後，孫元良的好運氣又來了。1948年初，蔣介石察覺出孫震有保存實力的企圖，便欲罷其兵權、擬另派人統轄孫部。孫震爲避免軍隊被蔣吃掉，同時繼續保有對舊部的領導權，於是推薦侄子孫元良接替自己。蔣考慮到孫元良畢竟出身黃埔嫡系，於是順水推舟，諭准此事。久失兵權的孫元良青雲直上，就任第十六兵團司令高位。
淮海戰役大決戰打響後，人民解放軍摧枯拉朽，勢不可擋。國民黨軍隊在淮海完全陷入被動後，杜聿明被迫率領邱清泉、李彌、孫元良三個兵團向西南撤退，企圖依託淮河，會同蚌埠的李延年、劉汝明兵團解黃維之圍。未料在永城地區陳官莊就被華野主力團團包圍。杜聿明無奈下令三個兵團分三個方向突圍。
十分可笑的是，此時孫元良將“飛將軍”的本領發揮到了極致。孫元良指令十六兵團所部分散突圍，爲防杜聿明變卦，孫元良還命令截斷電話線，囑咐指揮部電報一律不收。結果邱清泉和李彌部果然奉杜聿明之命取消突圍，孫元良部孤軍突圍，一萬多人在混亂中被殲，軍長、師長大多被擊斃，殘部只得重返包圍圈裏。
富於逃跑經驗的孫元良居然化裝成中尉副官，趁亂騙過盤查，隻身逃脫！後又化裝成農民，逃到信陽火車站。1949年1月6日，華野發動總攻，杜聿明、邱清泉等人非死即降。孫元良卻輾轉回到了南京，苟全了一條生命。
隨着解放戰爭的塵埃落定，1949年底，孫元良隨兵敗的國民黨軍殘部來到臺灣。揹着戰敗喪師之責，他精神鬱悶，最後選擇了退役從商。20世紀70年代初，孫元良一度旅居日本，開了一家名爲“天福園”的麪館。1975年，他重返臺灣定居高雄，在當地一家針織品公司當董事長。
2007年5月25日，孫元良在臺灣辭世，享年一百零三歲，是黃埔一期生中最長壽者。
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