國共內戰時期，陳先生任教於北平清華大學，併兼中央研究院歷史語言研究所第一組(歷史)主任。1948 年12 月北平被圍，15 日與北大校長鬍適之等乘專機南下。次年1月16 日搭輪船離上海，19 日抵廣州任嶺南大學教授。雖其至親俞大維(妹夫也是親表弟，時掌國民政府交通部)、摯友傅斯年(也是親表妹夫，臺灣大學校長)，一再敦促就途，而中央研究院歷史語言研究所的圖書文物與大部人員也均已遷臺，陳先生卻留居廣州未來臺灣以迄辭世。
當年陳寅恪先生離開北平但不往臺灣而南下廣州的原因大致有三：
一、陳先生對國民黨政府並無好感，也不滿抗戰時期國民黨欲控制學界的做法。這在陳先生的的詩和他友人的書信、日記裏都寫得清楚。而陳先生對共產黨可能亦有戒心，故隨胡適之同機離平。他在1948 年《寄下孝萱》時中有“淮海兵塵白日陰，避居何地陸將沉”句。1949 年元月自上海乘船至廣州後之感賦詩有“避地難希五月花”句，而該年陰曆新正的《己丑元旦作時居廣州康樂九家村》詩也有“避秦心苦誰同喻，走越裝輕任更貧”之句，在在表示是希望找一“避秦”之地，免受戰亂之苦。
二、1948 年年底，除東北和華北外，大部分地區仍在國民黨政府控制之下。當時一般人認爲很可能最後是“劃江而治”，以長江天塹爲界，國民黨在南，共產黨在北，廣州遠在南方可爲避秦之地。而臺灣，因“二二八”事件時，不少外省人遭禍，曾導致甚多人對臺灣印象不佳，不願赴臺工作。臺灣大學則自光復建校以來，問題極多，積弊太深，莊長恭校長自1948 年6 月就任半年“一事無成而已心力交瘁”，於12 月7 日請病假返滬，可能最初傅校長亦無把握能將臺大辦好，故未力邀陳先生來臺。
三、當國共內戰之時，經濟混亂，物質缺乏，貨幣貶值，教育經費短缺，教授生活清苦。例如，據《陳寅恪先生編年事輯》記載：1947 年“是歲寒甚。清華各院住宅本裝有水汀，經費短絀，無力供暖氣，需住戶自理。先生生活窘苦，不能生爐火。斥去所藏巴利文藏經及東方語文各書，如《蒙古文蒙古圖志》、《突厥文字典》等等，賣與北京大學東方語文系，用以購煤。聞僅裝火爐而已。”可見生活之困難。嶺南大學爲教會學校，陳序經校長又向華僑募得美金港幣若干，故經費較國立大學充裕，能付給陳先生頗優之待遇。而且陳先生及夫人都有心臟病，醫生說宜住南方暖和之地，因此去了嶺南大學。
陳先生爲什麼不願離開廣州呢？陳先生到了嶺南之後，時局急轉直下。蔣介石下野，共產黨軍隊盡佔江北之地。清明日陳先生有詩云：“樓臺七寶倏成灰，長江天塹安在哉？”果如他所料，和談破裂，江陰要塞司令棄守，共產黨軍隊4 月23 日渡江，5 月28 日進駐上海，8 月已逼福建。同時，美國又頒佈《白皮書》宣稱放棄國民黨。
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