二級生物安全實驗室必須配備的設備是生物安全櫃、高壓蒸汽滅菌器。
生物安全櫃,應選擇二級生物安全櫃;生物安全櫃應選擇Ⅱ級A1或Ⅱ級B1兩種生物安全櫃,即室內循環和30%外排型。生物安全櫃應安裝在BSL-2實驗室內氣流活動小,職員走動少,離門和空調送風口較遠的地方。生物安全櫃的四周應有一定的空間,與牆壁至少保持30cm的間隔,以便清潔。
高壓蒸汽滅菌器:在實驗室所在的建築內應配備高壓蒸汽滅菌器,並定期檢查和驗證,以確保符合要求。應選擇立式或台式排氣和排水口裝有HEPA濾器的高壓滅菌器。