《水經注》完成於1400多年以前，當時雕板印刷尚未出現，一切書籍的流傳都是通過傳抄來實現的，《水經注》也不例外。
鈔本及流傳
《水經注》寫成以後不久，酈道元就遇害，當時這部著作有幾種鈔本，已不得而知。隋統一全國，整理國家藏書，《隋書·經籍志》著錄有《水經注》一書的鈔本，卷數爲四十，是完整無缺的本子，這也是目前所知《水經注》最早的鈔本。
唐朝取代隋朝後，《水經注》成爲唐朝的國家藏書，《舊唐書·經籍志》與《新唐書·經籍志》均著錄爲40卷。唐後經五代至北宋初，《水經注》的鈔本仍爲足本，被作爲歷朝的國家藏書代代相傳。(國家藏足本)
北宋景祐年間(1034——1038)，崇文院(北宋朝廷的藏書庫)整理藏書，編制《崇文總目》，《水經注》被著錄爲35卷。從這個時候開始，北宋以前的一些類書和地理書所引《水經注》中的涇水、滹沱水、(北)洛水等卷篇就不見了。(國家藏殘本)
事實上，《水經注》的鈔本，並不爲歷代朝廷所獨有，民間也有流傳。是否爲隋之後，從朝流落民間，我們並不知道;是足本還是殘本，也不能確定。可以確定的是，在唐朝後期，《水經注》已爲一般知識分子所見，唐代詩人陸龜蒙有詩“山經水疏不離身”，說明《水經注》已有民間的鈔本;到了北宋，此書在民間的流傳只會更爲廣泛，蘇東坡《石鐘山記》有文“酈元以爲下臨深潭……”，就引了一整段《水經注》的文字。然而，這些鈔本，早已不見影蹤。從宋代鈔本中鈔出的本子，也絕無所聞。元代也沒有鈔本流傳。(民間鈔本)
到了明代纂修《永樂大典》，《水經注》被鈔錄在內，這個鈔本一直流傳了下來，我們稱它爲“永樂大典本”。這是我們所知的現存的最早的《水經注》的鈔本。除了“永樂大典本”，明代還有一些酈學家的私人鈔本。比較著名的有柳大中的影宋校本和趙琦美的三校本等，後來也都已失傳。現存的明鈔本有兩部，一部是稽瑞樓藏本，從宋元寫刊本中鈔出，有清人何焯、顧廣圻等校跋，現存北京圖書館;一部是海鹽朱希祖舊藏，也是從宋本鈔出，有王國維、章炳麟等校跋。另，天津人民圖書館也藏有一部明鈔殘本，稱爲“練湖書院鈔本”，僅存卷21-24
清代最著名的《水經注》鈔本爲天津人民圖書館所藏的“小山堂五校鈔本”。這是一部完整無缺的清鈔本，卷首有“戊午夏杪篁病翁五校畢漫志於首”的題字，可知是乾隆三年(1738)年全祖望33歲時的作品。正文以外，批註甚多，要旨與趙一清《水經注釋》合，可知是趙一清手筆。這部鈔本熔二人業績於一爐，是酈學界的寶貴遺產。(清鈔本)
刻本及流傳
《水經注》一書的刊印，出現在北宋中後期。根據已知的信息，《水經注》的第一種刊本是成都府學宮刊本，刊印年代不得而知，而且早已亡佚。第二種刊本刊於北宋元祐二年(1087年)，也已亡佚。另，現北京圖書館藏有一部殘缺不全的南宋刊本，內容不足全書的三分之一，這是現存的唯一一部宋版《水經注》。
明朝以後，雕板印刷術有了很大發展，刊本很多。流傳至今的明代刊本有嘉靖十三年(1534年)的黃省曾刊本，還有萬曆十三年(1585年)年吳琯以元祐二年本爲底本的刻本。最著名的刊本是萬曆四十三年(1615年)朱謀瑋校勘的《水經注箋》，這是《水經注》刊本史上的名本。
在《水經注箋》的基礎上，清初的許多酈學家，進一步認真校勘，出現了不少優秀刊本。特別是在乾隆年間酈學研究進入全盛期後，先後刊印了兩種超越前代的佳本：其一是趙一清所校勘正，於乾隆十九年(1754年)刊印的《水經注釋》。依清代著名學者王先謙的評價，此書爲趙一清“數年考訂苦心”的傑作。《水經注釋》刊行以後，接着刊行的就是武英殿聚珍本，即所謂的“殿本。繼殿本以後刊行的是全祖望的《七校本水經注》，他所依據的底本是一本被稱作“雙韭山房校本”的家傳本。全氏一生，校此書共七次，《七校本水經注》在他死後的光緒十四年(1888年)刊行，可惜這個本子在付印之前，被校勘失誤，從而影響了這部刻本的聲譽。
酈學史上，《水經注》的最後一種刻本，是王先謙的《合校本水經注》，刊行於光緒十八年(1892年)。他以殿本爲底本，把朱謀瑋的《水經注箋》、趙一清的《水經注釋》以及孫星衍等校本的成果收入在內，這是一種受人歡迎的佳本。
其它版本
清代後期，歐洲在18世紀末年出現的石版印刷術傳入中國。石印書籍在這時大批出現，包括《水經注》在內。光緒二十年(1894年)長沙寶華書局石印的巾箱本《合校水經注》，即是石印本。
鉛印是至今流行的一種印刷技術，中國在30年代曾經出版過幾種鉛印本《水經注》：一種是商務印書館出版的《四部叢刊》本，由殿本排印而成;一種是中華書局出版的《四部備要》本，由合校本排印而成。這兩種鉛印本《水經注》，對此書的流行，發生了很大的影響。
一些普通原稿和鈔本，製作成鉛印本是容易的，但對於一些正文中夾帶了珍貴批註的本子，卻只有影印才行。1935年，商務印書館採用影印的辦法，出版了《永樂大典》本《水經注》，這是有史以來的第一部影印本。《永樂大典》本《水經注》的問世，是中國酈學史上的一件大事。除了這部影印本外，建國以後，中國科學出版社出版了另一部規模巨大的《水經注》影印本，這就是楊守敬、熊會貞合撰的《水經注疏》。遺憾的是，他們的定稿本被人盜賣，至今下落不明，只有早年的鈔本流傳。中國科學院於1957年影印了他們的早期鈔本，這是中國出版的第二部《水經注》影印本。1971年臺北中華書局影印出版了他們早年的另一部鈔本，這是中國的第三部《水經注》影印本。
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