且不提與康熙尚無關係的揚州十日、嘉定三屠，只說康熙在平定三藩時，清軍對平民的屠殺，從許多記載來看也是相當驚人。這裏不必長篇大論，就引兩則相關史料也可見一斑。
《清史稿.王騭傳》裏記載的王騭在康熙的上疏中說“四川禍變相踵，荒煙百里，臣當年運糧行間，滿目創痍。自蕩平後，修養生息，然計通省戶口，仍不過一萬八千餘丁，不及他省一縣之衆”
這份上疏是什麼時候寫的？所謂當年運糧行間是什麼，蕩平是指什麼時候的蕩平？這些問題我們繼續查一下《清史稿》的原文就知道了。“王騭，字辰嶽，山東福山人，……康熙五年，典試廣東。歷刑部郎中。十九年，出爲四川鬆威道。時徵雲南，騭督運軍糧，覆舟墜馬，屢經險阻，師賴以濟。”
“時以太和殿工，命採蜀中柟木。騭入覲，疏言：四川禍變相踵……”
可見這份上疏就是在康熙平定三藩之亂以後，所謂“當年運糧行間”，就是指康熙十九年“出爲四川鬆威道。時徵雲南，騭督運軍糧”，那麼這個所謂的蕩平自然就是指康熙時期清軍鎮壓吳三桂反抗，蕩平四川雲南了。
蕩平之後，“通省戶口，仍不過一萬八千餘丁，不及他省一縣之衆”，這個時期四川人口的損失，平民的死亡顯然和清軍是脫不了干係的。
其實不僅是四川，其他相關地區也遭受類似的厄運，比如江西百姓遭受屠戮的數量就不少，康熙十八年，瀏陽縣知縣曹鼎新說“自甲寅吳逆倡亂，……以至王師赫怒，整兵剿洗，玉石難分，老幼死於鋒鏑，婦子悉爲俘囚，白骨遍野，民無噍類”。
這裏說的就更明確了“王師赫怒，整兵剿洗，玉石難分”，聯繫到清軍一向有屠殺平民的傳統，再加上清朝方面的官員也不會故意抹黑清朝自己，所以這類記載的真實性是沒有疑問的。無論以什麼理由作爲藉口，如果一個皇帝手下的軍隊有大肆屠殺平民的行徑，那麼這樣的皇帝再將其稱爲仁愛，那也是很不妥當了吧。
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