1861年11月，慈禧太后與恭親王奕？聯合發動辛酉政變，此後三度垂簾聽政，直至1908年去世，統治中國長達47年之久。人們大多認爲，這是由於慈禧太后善於玩弄政治權術，具有翻雲覆雨、爲人陰狠、手段毒辣等獨特政治手腕。其實，這些並非重要、更非根本的政治原因。晚清皇統繼承乏人，慈禧太后的特殊政治身份，特別是慈禧太后妥善地處理了那拉氏家族與愛新覺羅氏家族的政治關係，纔是她得以長久統治的根本原因。
皇統繼承乏人的危機
慈禧太后能夠掌握清廷最高權力數十年之久，首先是基於清帝皇統繼承乏人這一客觀原因。
清王朝自天命汗努爾哈赤至宣統帝溥儀，共計12帝。這12位皇帝子女的多寡，與大清王朝的興衰有着密切的關聯。道光及其之前的7位皇帝，子嗣最少的雍正和嘉慶帝也有14個子女;被稱之爲“多子翁”的康熙帝甚至有55個子女;而到了咸豐帝，一生僅有二子一女;同治、光緒和宣統帝，竟然一生子女皆無。這就使道光以前各帝在皇位繼承人問題上，選擇餘地較大。而自咸豐開始的三位皇帝，少子或無子，幾乎喪失了選擇餘地或可能，出現了皇位繼承乏人的危機。
清朝最後幾位皇帝壽命之短促，則進一步加深了這一危機。道光以前各帝，除順治帝情況較爲特殊，只活到24歲外，其他均活至五六十歲，甚至八九十歲。而同治帝只活了19歲，咸豐帝、光緒帝雖壽命較長，但也不過才三十幾歲。
如果清帝壽命較長，其子繼承皇位時一般皆已長大成人，這就至少可以在年齡方面保障新君繼位後即可獨自處理政務，保證皇位與皇權的平穩順利過渡。但如果皇帝的壽命過於短促，其繼承人的年齡就必然偏小，不但沒有任何基本知識的儲備積累和政治經驗，甚至不具備是非判斷能力。在這種情況下，新繼位的小皇帝或借重於朝廷重臣，或依賴於親近太監，或直接依靠自己的母后，出現一段時間皇位與皇權的分離錯位，這就有可能導致權臣專擅或母后外戚專政之類太阿倒持的朝局。
道光以後各帝壽命之短促，子嗣之不旺，預示着大清皇統的危機。晚清御史胡思敬在談到光緒帝死後無嗣繼位時說：“國統再絕，而家無令子，識者早知其必有亂矣。”講的正是這個意思。慈禧太后之所以能數十年干政，與清末三位皇帝、特別是其子同治帝繼位時年齡太小，不無直接關係。
特殊的政治身份與地位
慈禧太后之所以能掌握清廷最高權力數十年之久，並非僅僅因其具有多麼高深莫測的政治本領或手段，而是依靠其特殊的政治身份與地位。
咸豐帝死後，清廷內部實行的雖是“(太后)垂簾(八大臣)輔政，蓋兼有之”的權力機制，表面看慈禧太后與肅順等八大臣的權力是旗鼓相當，但實際上慈禧太后佔據新君生母這一更有利的地位，使其在與八大臣的政治鬥爭中立於不敗之地。而朝中部分大臣也都堅持“自古天無二日，民無二主”的政治理念，大都認爲只有兩宮太后纔是皇權的真正代表。
經過歷朝歷代長達2000餘年的因革損易，“君爲臣綱”等忠君思想已根深蒂固。環視當時的大清帝國，皇帝幼弱，親貴如恭親王奕？、醇親王奕？者，尚不能與慈禧太后爭鋒，尚有何人能夠與皇太后爭高下、論尊卑呢？
妥善處理兩大家族政治關係
外戚專權與保持皇權獨立是一對勢如水火的矛盾。慈禧太后則妥善地處理了那拉氏家族與愛新覺羅氏家族的政治關係，這也是她掌握清朝最高權力數十年最爲根本的原因。如果將慈禧太后與唐代的武則天做一個比較，就會對此有一個極爲清楚的認識。
武則天先是“垂簾於御座後，政事大小，皆預聞之”，後來又正式登基稱帝。不但立武氏七廟，追尊自己上五代祖皆爲皇帝，大力提拔重用武氏兄弟子侄掌握朝廷內外的軍政大權，而且殘殺唐皇李氏的皇子皇孫。這不但引起李氏家族的全力反抗，也引起衆多唐朝重臣和舊臣的強烈不滿與反對。
反觀慈禧太后掌握清廷最高權力的數十年間，她對愛新覺羅氏家族與那拉氏家族關係的處理遠比武則天穩妥得多，朝野上下沒有人指責慈禧太后對愛新覺羅氏家族不忠，其根本原因是她在兩個問題上處理把握得較爲得當。
第一，未予那拉氏族人以顯爵重任。
辛酉政變後，慈禧太后的大弟照祥被封爲三等承恩公，其父惠徵、祖父景瑞、曾祖父吉郎阿則被追封爲三等承恩公。以上封爵，皆爲清廷對於皇后或皇太后家族的恩封慣例，而非“違制”的特例。其二弟桂祥，之所以在1888年被封爲三等承恩公，是因其女被選爲光緒帝的皇后，仍是循外戚封爵之慣例，與慈禧太后的個人意旨並無直接關係。慈禧太后之所以未對胞弟委以控制清廷實權的重任，除了與其弟缺乏才幹有關之外，與慈禧太后特別關注愛新覺羅氏家族與那拉氏家族關係、不給其他人以攻詰口實的意識自覺或心理警覺不無關係。
慈禧太后臨死前，遺命以醇親王載灃之子溥儀繼承皇位，同時又諭命：“嗣後軍國政事，均由攝政王裁定。遇有重大事件，必須請皇太后(即其侄女隆裕太后)懿旨者，由攝政王隨時面請施行。”她沒有安排隆裕太后直接出面垂簾聽政，而是讓她退居於幕後。慈禧太后的上述安排，既是出於個人的得失私見，同時又是歸還清廷最高權力於愛新覺羅氏的綜合考慮。
第二，慈禧太后所選立的兩任小皇帝？？光緒帝載？和宣統帝溥儀，都是愛新覺羅氏家族血統最近的近支親王后代。
她的獨斷專行，雖會引起皇室親王和其他朝臣的不滿，但沒有人懷疑慈禧太后對愛新覺羅氏家族不忠或有所威脅。至於慈禧太后多次選立小皇帝，以及其與恭親王奕？、醇親王奕？等人的矛盾與鬥爭，皆被人理解爲是清朝內部的權力之爭，甚至不過是家族內部的叔嫂“家務”之爭而已。
綜上所述，無論慈禧太后的主觀意圖如何，在客觀上，她的確成功地使人們普遍認同其對愛新覺羅皇室是忠誠的，這應是她較爲順利地掌控清王朝最高權力長達近半個世紀的重要原因之一。
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