長沙方面對曾國藩已無可指摘，反而漸漸萌生敬重之心。但中央政府方面卻給了曾國藩幾記響亮的耳光。
湘潭大捷後，駱秉章要上報朝廷，曾國藩阻止。他說：“你報湘潭大捷，那就要報靖港之敗，不能只報喜不報憂。”駱秉章慌忙把這個差事推給曾國藩說：“那你來報吧，況且仗也是你打的。”
曾國藩這一招叫暗度陳倉，駱秉章是湖南巡撫，在湖南發生的任何事只有他有權力上報，特別是戰事。曾國藩現在是把上報的權力悄無聲息地奪到了自己手上，他以爲這次能壟斷向上彙報的信息渠道，但是他想錯了。
曾國藩向咸豐上書說：“這次在湖南的兩場惡戰，可謂驚心動魄，實在讓我大感意外。湘潭之戰完敗長毛賊，可恨的是靖港之戰卻顆粒無收，我深知有罪，請皇上治我罪。”
咸豐皇帝拿到曾國藩的上書，皺眉不解。他有點看不明白，於是問身邊的人：“曾國藩向來標榜誠意，你們覺得他這字裏行間是真情實意嗎？”
有人站出來說：“前段時間風傳，曾國藩以一在籍紳士，短短時間就湊齊了一支軍隊，可見能力強大，志氣也不小。如今他打了這樣大一個勝仗，咱們要小心啊。”
咸豐皇帝“呸”了那人一口：“你這種人真是犯賤，羨慕嫉妒恨，搬弄是非，見不得別人好。曾國藩能有什麼別的心？不過他這封信倒是很不誠意，他是否有罪，我做皇帝的說了算。他憑什麼耍這種小聰明？！”
咸豐耍起小聰明來比曾國藩厲害十倍，所以他採取“大棒加胡蘿蔔”來對付曾國藩。他必須要讓曾國藩知道，在他面前耍小聰明是自尋死路。做他咸豐的臣子，無論你有多能耐，老實本分、以誠爲本是基礎。
第一大棒：下旨訓斥曾國藩，你是不是昏頭了？你的罪固然很大，總要聽朕的處分，豈有自己給自己定罪的道理？我覺得你有這種想法時肯定是心如飄萍，漫無定見也。
第二大棒：你既然有自知之明，說自己有罪，那我就革了你的禮部侍郎職務，趕緊戴罪立功，剿滅叛匪。
第三大棒，最嚴厲。咸豐把曾國藩的手下塔齊布升爲湖南提督，統轄湖南全省軍隊，這無疑是把塔齊布凌駕到了曾國藩之上。
慶幸的是，塔齊布從無二心，始終聽命於曾國藩。
揍了曾國藩三大棒後，咸豐又給了曾國藩一根胡蘿蔔：朕賞你獨立奏事的權力，你要珍惜，不可等閒視之。
事到如此，曾國藩哪裏還敢等閒視之。他上奏疏說，自己感激得鼻涕一把淚一把，發誓必殲太平軍，保衛大清江山萬年不倒。
和咸豐皇帝過招之後，曾國藩把注意力集中到湘軍上。他認真總結了嶽州、靖港和湘潭三次戰役的經驗教訓，最終認定失敗的根本原因是功罪不清、賞罰不明。要扭轉這種情況，必須從明晰賞罰、嚴肅軍紀做起。
曾國藩一想到在靖港之戰中，那些士兵不顧其命令衝過令旗的場景時就氣得渾身發抖。這種士兵在湘軍中不勝枚舉，無組織無紀律，心中只有自己的狗命，根本沒有統帥的軍令。他根據各營在這幾次戰鬥中的表現，把一些沒有奮勇向前的士兵全部解職。
留下來的都是敢打敢拼的士兵，曾國藩又對他們進行思想政治教育，讓他們知道世上的確有軍紀這回事。如果你不拿軍紀當回事，那我曾國藩就不把你們的命當回事。你們既然想在湘軍中闖出一片天下，那就必須唯我曾國藩馬首是瞻。要想追隨我曾國藩升官發財的，必須爲我賣命，不允許任何人濫竽充數。
同時，曾國藩注意到了自己的弱點，那就是優於謀劃，拙於指揮。所以他在指揮系統上做了很大的改革。從前，湘軍的編制最高一級爲營，曾國藩直接指揮營。現在，營以上設立統領，統帥兩營或數營。這些統領就是團長、旅長。有了這樣的編制，使得湘軍的兵力更容易集中，容易適應戰陣形勢的變化。
最後，曾國藩花大價錢購買了更多的西洋炮。在湘潭之戰中，正是因爲西洋炮的威力才取得了勝利，曾國藩自此後深深地迷戀上了大炮，這也是湘軍後來能擊敗太平軍的一個重要的技術原因。
經過一番翻天覆地的整頓後，曾國藩的湘軍脫胎換骨，這就是長沙整軍，它是湘軍貨真價實成爲一支軍隊的開始，也是曾國藩逐夢的開始。
然而，天將降大任於曾國藩，非和他作對不可，必要苦其心志勞其筋骨餓其體膚，讓他咬牙切齒找不到北。
曾國藩接下來的命運，坎坷得使人忍不住要爲他哭盡一生的淚水。
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