飲用水消毒的主要目的是

防止腸道傳染病的發生。飲用水消毒的目的是殺滅水中對人體健康有害的絕大部分病原微生物，其中包括細菌、病毒、原生動物等，以防止通過飲用水傳染疾病。由於消毒處理並不能完全殺滅水中所有微生物，所以消毒處理是在達到飲用水水質微生物學標準的條件下，將飲用水導致的水介傳染病的風險降到最低，達到完全可以接受的水平。

所謂滅菌是指殺滅水中所有微生物的處理過程，而消毒是指殺滅水中對人體健康有害的絕大部分病原微生物、防止水介傳染病、實現飲用水水質微生物學有關指標的處理過程。滅菌和消毒這兩者的區別在於前者是殺滅水中所有微生物，後者是殺滅水中絕大部分微生物，可見兩者區別主要是程度上不同。當然，消毒處理最好能達到完全滅菌，但實際上卻不能實現完全滅菌，這受多種因素影響。儘管如此，消毒處理必須將飲用水導致的水介傳染病的風險降至極低，其判明準則是消毒處理能達到飲用水水質微生物學有關標準。